公司自2002成立之初便設立科研管理部，下設2個育種研究中心、1個生物技術中心、4個綜合試驗站。共有正式編制科研人員28名，其中博士1名，碩士8名，本科11名。
德農種業經過10多年的不懈努力，截止2016年7月共審（認）定玉米品種51個，其中國審品種10個、省審品種42個，其他經濟類作物的審定數量分別是向日葵國審品種12個、省審品種19個；飼用作物國審品種4個、省審品種2個；棉花國審品種5個；小麥國審品種1個、省審品種1個；水稻省審品種6個。2016年參加國家和省試驗的玉米品種數量達90余個（含國家綠色通道參試品種），其中晉級區域試驗及生產試驗的品種37個，涵蓋了玉米所有生態類型區。2016年各育種中心及試驗站共承擔國家、省級試驗19項，其中國家玉米試驗7項、向日葵試驗2項、飼用高粱試驗1項，省級玉米試驗12項、向日葵試驗2項、飼用玉米試驗1項。
為了加強公司的研發能力，公司形成了流水線式的商業化育種體系，即在育種流程上把育種過程分解成種質資源創新、自交系選育、雜交組合選配、雜交組合篩選和測試等幾個關鍵環節，通過矩陣式的管理方式，避免了育種工作的盲目性和育種站之間工作的重復性；調動了科研人員的積極性，加速了新品種的選育進程。
公司體系內玉米測試平臺，將精確鑒定篩選出適宜9大生態類型區（同于國家玉米品種審定試驗生態區）高產、穩產、多抗、優質的普通玉米、青貯玉米及甜、糯玉米新品種，為公司玉米新品種的科學評價、開發、推廣提供數據支持。
為了發揮生物技術輔助育種對育種工作的推動作用，德農種業在通州區國際種業園建立了500平方米的生物技術試驗室，其中包括雙單倍體育種實驗室、分子標記輔助育種實驗室、轉基因育種實驗室及植物病理實驗室，實現了常規育種和生物技術輔助育種的有機結合。2015年應用SNP芯片技術對所有材料進行分析，尋找表型連鎖位點，為后續自交系改良、新品種選育提供輔助支持。
為了提升了公司的科研競爭力、縮小與國際公司的差距，在應用基礎性研究、品種研發和種質資源引進等方面同國內外科研單位和企業采取多方位的合作。
公司在新品種選育、測試平臺建設、分子輔助育種等方面得到了農業部、科技部、財政部、北京市科委等國家多職能部門的項目資金支持。
